Boerderij Zonnehoeve werkt samen met natuurbeheerorganisaties als Flevolandschap en Staats Bosbeheer. In die samenwerking worden de koeien ( en paarden ) van Zonnehoeve ingezet voor begrazing, zodat de natuur wel zijn gang kan gaan, maar toch ook een beetje wordt kort gehouden. Daarnaast onderhouden de boeren zelf de open stukken in de natuurgebieden door er tarwe, gras/klaver of luzerne te telen. De natuurgebieden liggen in Almere (het Kromslootpark), Lelystad (de Burgkamp) en in Zeewolde. In Zeewolde gaat het om het grote natuurgebeid ‘ De Stille kern’. Dit gebied van bijna 1000 ha is vrij toegankelijke voor wandelaars en is een mooi natuurgebied-in-ontwikkeling.